Ao longo de 8 participações em apenas 3 delas o Treze passou da Primeira Fase.

Em 1999, passou pelo Santa Cruz, após espetacular vitória, em Recife, por 4 a 2. Na Segunda fase, deu sufoco no Corinthians, e depois de 2 empates por 2 a 2, só foi eliminado na decisão por pênaltis.

Sua participação de destaque aconteceu em 2005. Na Primeira Fase, após ser goleado pela equipe gaúcha do Ulbra por 3 a 0, devolveu a goleada de forma espetacular, 5 a 0. Na fase seguinte, surpreendeu a todos ao eliminar o São Caetano. Pelas Oitavas de Finais, o Treze voltou a mostrar que não estava para brincadeira e eliminou o Coritiba. Pelas Quartas de Finais, após perder por 1 a 0, e devolver o resultado ao Fluminense, só foi eliminado na disputa por pênaltis, por 9 a 8.

Em sua última participação, em 2007, passou pelo Vilavelhense, mas caiu, novamente, frente ao Corinthians.

8 Participações
- 1990: 30° colocado (32 equipes participantes)
- 1999: 26° colocado (64 equipes participantes)
- 2000: 65° colocado (69 equipes participantes)
- 2001: 34° colocado (64 equipes participantes)
- 2002: 38° colocado (64 equipes participantes)
- 2005: 6° colocado (64 equipes participantes)
- 2006: 50° colocado (64 equipes participantes)
- 2007: 30° colocado (64 equipes participantes)

27 Pontos Ganhos
25 Jogos Disputados
8 Vitórias
3 Empates
14 Derrotas
30 Gols Pró
38 Gols Sofridos
-8 de Saldo de Gols
36,99% de Aproveitamento dos Pontos Disputados