O ex-Senador Luiz Estêvão é o responsável pela criação do Brasiliense. Após deixar o Senado, tendo seu mandato cassado, resolveu investir no futebol. Comprou o time Atlântida Futebol Clube, da cidade satélite de Taguatinga, e o transformou no Brasiliense Futebol Clube em 01 de agosto de 2000.
Neste mesmo ano disputou o campeonato Metropolitano de Brasília da segunda divisão, tornando-se o campeão. Um ano após, em 2001, se tornaria vice-campeão brasiliense da principal divisão, tendo inclusive, feito o artilheiro do campeonato, Weldon com 13 gols.
Em 2002, o clube surpreendeu o Brasil ao chegar as finais da segunda competição mais importante do país - a Copa do Brasil - disputando a grande final com o Corinthians; empatou a primeira partida em 1 a 1 e perdeu a segunda por 2 a 1. No brasileirão da Série C conquista o título e fez os artilheiros da competição: Túlio e Wellington Dias, com 11 gols cada. A nível metropolitano (campeonato brasiliense), ficou na 3ª posição. Foi o melhor ano na pequena história do clube.
No ano de 2004, conquista seu segundo título nacional, o Brasileiro da Série B. E, conquista pela primeira vez, o campeonato metropolitano.
2005 - estréia no principal campeonato nacional, a Série A, contra o Vasco da Gama, no Estádio Mané Garrincha, empatando com o clube carioca por 2 a 2. No entanto, acabou por perder os pontos para o adversário, por vender ingressos quando deveria atuar com portões fechados. No brasileirão Série A, acabou por ficar na última colocação, com 41 pontos em 42 jogos, sendo rebaixado. O clube nunca mais retornou para a elite do futebol brasileiro.
JacaréMascote Oficial
Uniforme 1utilizado em 2007
Uniforme 1Utilizado em 2001

Troféu do Brasileiro da Série B de 2004
Nos anos que seguem conquista o campeonato metropolitano (2006, 2007, 2008 e 2009), somando seis títulos consecutivos, superando o recorde de títulos consecutivos no Distrito Federal que pertencia ao Gama (5 conquistas - 1997 a 2001), seu maior rival.
TODOS OS TÍTULOS
Categoria Principal
Brasileiro Série B 2004
Brasileiro Série C 2002
Camp. Brasiliense 2004, 2005, 2006, 2007, 2008, 2009, 2011, 2013 e 2017
Camp. Brasiliense 2ª Divisão (Série B) 2000
Outras categorias
Brasiliense de Juniores 2003, 2004, 2005, 2006 e 2007
Copa de Futebol Sub 20 2004
HINO - "Vacilou caiu na Boca do Jacaré"
Autor: Walter Queiroz
Com muita raça e toda a nossa vibração
Salve o Brasiliense, futebol clube, meu irmão
No campo, uma pintura, uma aquarela
E na torcida explode essa febre amarela
(Bis)
As cores do meu coração
Verde, amarelo e branco
O meu time é campeão
(Refrão)
É na palma da mão
É com a bola no pé
É na palma da mão
É com a bola no pé
Vacilou caiu na boca, na boca do Jacaré
