1940 a 1960 e a troca de nome para JabaquaraParticipou da inauguração do Estádio Municipal do Pacaembú, em 28 de abril de 1940. Em 1941 foi o 5° colocado na Federação Paulista de Futebol.
Durante a 2ª guerra mundial, o governo através de lei, proibiu a utilização de nomes de países para denominação de clubes. Após várias sugestões (XV de Novembro, Cruzeiro do Sul e outras), prevaleceu a de Raul Vasques Rios, que relembrou que o bairro que acolheu o rubro amarelo na sua fundação, merecia ser homenageado: em 07 de novembro de 1942, o Hespanha FC passou a chamar-se JABAQUARA ATLETICO CLUBE.
No ano de 1944, formou um dos maiores times de sua história, quando obteve vitórias expressivas em 07 de dezembro sobre o São Paulo por 3 x 2, e em 21 de dezembro sobre o Corinthians por 5 x 2, com 3 gols de Baltazar, Tom Mix e Alemãozinho. Em 1945 foi o 5° colocado do Campeonato Paulista de Futebol.
3ª MUDANÇA DE LOCAL: Em 1961, Washington di Giovanni, presidente, iniciava a compra de área na Caneleira, de propriedade de José Ferreira, dando como entrada o cheque n° 30761 contra a Casa Bancária Branco, no valor de Cr$ 1.000.000,00, tendo parte do dinheiro da entrada sido adiantado por Manoel Ramos Lopes. Em 12 de janeiro de 1964, o presidente Rubens Cid Perez concretizava a transação da área de 67.380 metros quadrados, onde se localiza atualmente o seu estádio.
1961 a 1980Em 1963
foi rebaixado para a 2ª divisão, após ser derrotado pelo Santos FC por 5 x 3. Em março de 1964, realizou a 1ª excursão por gramados internacionais (ARGENTINA).
Em 1967 solicitou licença à Federação Paulista de Futebol e deixou de disputar as competições oficiais, dedicando-se apenas a competições amadoras; último jogo contra o E.C. São José.
Em 1976, construiu seu ginásio sócio-esportivo, denominado José Vilarinho Cortês; Em 1977 retornou às disputas oficiais, incluído porém, na 3ª divisão de futebol rofissional, estreando contra o MAF em Piracicaba, e vencendo por 5 x 3, tendo o mando de seus jogos no campo do Beija Flor F.C., em São Vicente.
Em 17 de junho de 1979, com a conclusão do muro que circunda toda a sua área, realizou a primeira partida oficial em sua nova praça de esportes na Caneleira, denominado ESTÁDIO ESPANHA, quando enfrentou e venceu o União de Tambaú, por 6 x 4.
Em 1980 e 1983 disputou, como convidado da FPF, por ser fundador, o campeonato da divisão intermediária.
1981 aos dias atuaisEm 1987, na comemoração do 73° aniversário, enfrentou e venceu o São Bento de Sorocaba por 1 x 0; os campeões mundiais Clodoaldo e Rivelino defenderam o rubro amarelo, alem de Douglas (ex-Santos FC e EC Bahia).
Em 1988 realizou amistoso com o São Paulo FC em Ulrico Mursa,sendo derrotado por 2 x 0. Em 1989 recebeu o SC Corinthians Paulista, na Caneleira, em comemoração ao 75° aniversário, sendo batido por 6 x 2.
Em novembro de 1991 inaugurou o sistema de iluminação no Estádio Espanha, tendo enfrentado o Santos F.C., derrotado por 2 x 0, e a A.A.Portuguesa, com empate de 0x0. Em 1993 sagrou-se campeão paulista da Segunda Divisão de Futebol Profissional da Federação Paulista de Futebol, em campeonato disputado por 56 equipes. Em 1995 sagrou-se campeão paulista da Segunda Divisão de Futebol Juniores da Federação Paulista de Futebol. Em 1997, teve o principal artilheiro da competição (Sérgio Miler), com 26 gols, sendo também o maior artilheiro em um só campeonato, na história do clube. Disputou nesse ano o quadrangular final do campeonato da B1-A da Federação Paulista de Futebol.
Em 2002, com uma invencibilidade de 23 jogos, o "Jabuca" tornou-se campeão da Série B3 (sexta divisão) do futebol paulista.
No ano de 2007, através de uma parceria com a equipe do Litoral FC, chegou às quartas de final do campeonato paulista da 4ª divisão. No ano seguinte (2008) anexou ao seu patrimônio O Litoral FC, clube de um projeto social idealizado por Pelé.
Campeões do Futebol
JABAQUARA ATLÉTICO CLUBE