Campeonato Brasileiro da Série B: 1996
Foi o título mais importante da história do clube. Na primeira fase se classificou em segundo lugar de seu grupo (Grupo C). As demais fases foram disputadas em "Eliminatórias", depois quadrangular final, ficando com o inédito título. A campanha:
Primeira Fase
18/08/1996- XV de Piracicaba 2 x 0 União São João
25/08/1996- União São João 3 x 0 Sergipe-SE
12/09/1996- Desportiva-ES 3 x 1 União São João
15/09/1996- Americano-RJ 2 x 1 União São João
22/09/1996- União São João 3 x 2 Americano-RJ
29/09/1996- União São João 2 x 1 Desportiva-ES
06/10/1996- União São João 1 x 1 XV de Piracicaba
13/10/1996- Sergipe-SE 0 x 1 União São João
Partidas Eliminatórias
20/10/1996 Volta Redonda-RJ 1 x 1 União São João
27/10/1996- União São João 3 x 0 Volta Redonda-RJ
03/11/1996 União São João 0 x 1 Mogi Mirim
10/11/1996- Mogi Mirim 0 x 1 União São João (penais: 1x3)
Fase Final
17/11/1996- Náutico-PE 1 x 2 União São João
20/11/1996- União São João 3 x 1 América-RN
24/11/1996- Londrina-PR 1 x 1 União São João
01/12/1996- União São João 3 x 2 Londrina-PR
04/12/1996- América-RN 2 x 1 União São João
08/12/1996- União São João 1 x 1 Náutico-PE
Campeonato Brasileiro da Série C: 1988
Outras conquistasCampeonato Paulista da Divisão Especial (atual Série A2): 1987

Campeonato Paulista da 4ª Divisão: 2023
Copa Benedito Teixeira (Seletiva para o Campeonato Brasileiro Série B 1992): 1991
Campeonato Paulista Sub-20: 1996 (foto abaixo) e 2001

Campeonato Paulista Sub-17 (FPFA): 2005
Campeonato Paulista Sub-13 (FPFA): 2003, 2004